お二人ともありがとうございます。
いろいろと検証していたのですが、どうもfprintfでそれぞれの結果をまとめる段階で実部,虚部という並びになっていないようなのですが、なぞそうなったのかがわかりません。
下は実部を1,虚部を2として実行してみた結果です。
% データの用意
N = 10;
X = ones(N,1);
data(1:N,1) = X;
data(1:N,2) = 2*X;
% データ書き込み
formatSpec = "(%d,%d)\n";
fileID = fopen("test1.txt","w"); % 出力ファイルオープン
fprintf(fileID,formatSpec,data(:,1),data(:,2));
fclose(fileID);
type("test1.txt");
(1,1)
(1,1)
(1,1)
(1,1)
(1,1)
(2,2)
(2,2)
(2,2)
(2,2)
(2,2)