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- 昨日までちゃんと動いていたのに・・
- ヘルプページ通りに書いているのに・・
MATLAB 関数がエラーを出すようになることありますよね（？）そんな時にみなさんがまず確認するもの、何かありますか？教えてください！
例えば
which -all plot
をコマンドウィンドウで実行して、もともと MATLAB で定義されている plot 関数（MATLAB のインストールフォルダにある plot 関数）がちゃんと頭に出てくるかどうか確認します。
キーと値の組み合わせでデータを格納できるディクショナリ。R2022bでdictionaryコマンドが登場し、最近のバージョンではreaddictionaryとwritedictionaryでJSONファイルからの読み込み・書き込みにも対応しました。
私はMIDIデータからピアノの演奏動画を作るプログラムで、ディクショナリを使いました。音のノート番号をキーにして、patchで白と黒で鍵盤を塗りつぶしたmatlab.graphics.Graphicsデータ型を値にしたディクショナリで保存して、MIDIで鳴らされた音のノート番号からlookupでグラフのオブジェクトを取得し、FaceColorを変更してハイライトするというもの。
コード例
%% MIDIデータの.matファイルを読み取ってピアノを描画するサンプル
fig = figure('Position', [34 328 1626 524]);
ax = axes;
whiteKeyY = [0 0 150 150];
whiteKeyColor = [1 1 1];
blackKeyY = [50 50 150 150];
blackKeyColor = [0.1 0.1 0.1];
edgeColor = [0 0 0];
% ディクショナリの定義
d = configureDictionary("double", "matlab.graphics.Graphics");
% 白鍵を描画
for n = 1:9
pos = 23*7*(n-1);
d = insert(d, 21 + (n-1)*12, patch([pos+5 pos+28 pos+28 pos+5],whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 21 + (n-1)*12));
d = insert(d, 23 + (n-1)*12, patch([pos+28 pos+51 pos+51 pos+28], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 23 + (n-1)*12));
d = insert(d, 24 + (n-1)*12, patch([pos+51 pos+74 pos+74 pos+51], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 24 + (n-1)*12));
if n < 9
d = insert(d, 26 + (n-1)*12, patch([pos+74 pos+97 pos+97 pos+74], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 26 + (n-1)*12));
d = insert(d, 28 + (n-1)*12, patch([pos+97 pos+120 pos+120 pos+97], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 28 + (n-1)*12));
d = insert(d, 29 + (n-1)*12, patch([pos+120 pos+143 pos+143 pos+120], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 29 + (n-1)*12));
d = insert(d, 31 + (n-1)*12, patch([pos+143 pos+166 pos+166 pos+143], whiteKeyY, whiteKeyColor, 'EdgeColor', edgeColor, 'UserData', 31 + (n-1)*12));
end
end
% 黒鍵を描画。白鍵の上になるようにループを分けています
for n = 1:9
pos = 23*7*(n-1);
d = insert(d, 22 + (n-1)*12, patch([pos+23 pos+33 pos+33 pos+23], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 22 + (n-1)*12));
if n < 9
d = insert(d, 25 + (n-1)*12, patch([pos+69 pos+79 pos+79 pos+69], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 25 + (n-1)*12));
d = insert(d, 27 + (n-1)*12, patch([pos+92 pos+102 pos+102 pos+92], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 27 + (n-1)*12));
d = insert(d, 30 + (n-1)*12, patch([pos+138 pos+148 pos+148 pos+138], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 30 + (n-1)*12));
d = insert(d, 32 + (n-1)*12, patch([pos+161 pos+171 pos+171 pos+161], blackKeyY, blackKeyColor, 'EdgeColor', [0 0 0], 'UserData', 32 + (n-1)*12));
end
end
xticklabels({})
yticklabels({})
xlim([5 1362])
drawnow
%% MIDI音源の.matファイルを読み込み
matData = load('fur-elise.mat');
msg = matData.receivedMessages;
eventTimes = [msg.Timestamp] - msg(1).Timestamp;
n = 1;
numNotes = 0;
lastNote = 0;
highlightedCircles = cell(1, 127);
% 音が鳴った鍵盤だけハイライトする
tic
while toc < max(eventTimes)
if toc > eventTimes(n)
thisMsg = msg(n);
if thisMsg.Type == "NoteOn"
numNotes = numNotes + 1;
lastNote = thisMsg.Note;
thisPatch = lookup(d, thisMsg.Note);
thisPatch.FaceColor = '#CCFFCC';
drawnow
elseif thisMsg.Type == "NoteOff"
numNotes = 0;
thisPatch = lookup(d, thisMsg.Note);
[~, ~, wOrB] = calcNotePos(thisMsg.Note);
if wOrB == "w"
thisPatch.FaceColor = 'white';
else
thisPatch.FaceColor = 'black';
end
drawnow
end
n = n+1;
end
end
%% サブ関数
function [pianoPos, centerPos, wOrB] = calcNotePos(note)
tempVar = idivide(int64(note), int64(12)); % 12で割った商
pos = 23*7*(tempVar-1);
switch mod(note, 12)
case 0 % C
pianoPos = pos + 62.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 2 % D
pianoPos = pos + 85.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 4 % E
pianoPos = pos + 108.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 5 % F
pianoPos = pos + 131.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 7 % G
pianoPos = pos + 154.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 9 % A
pianoPos = pos + 177.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 11 % B
pianoPos = pos + 200.5;
centerPos = 30;
wOrB = "w";
case 1 % C#
pianoPos = pos + 69;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 3 % D#
pianoPos = pos + 92;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 6 % F#
pianoPos = pos + 138;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 8 % G#
pianoPos = pos + 161;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
case 10 % A#
pianoPos = pos + 184;
centerPos = 100;
wOrB = "b";
end
end
皆さんはディクショナリを使ってますか？ もし使っていたら、どういう活用をしているか、聞かせてください！
どの方法を使う事が多いですか？他によく使う方法があれば教えてくださいー。
方法①
Livescript 上で for ループ内で描画を編集させて描いた動画は「アニメーションのエクスポート」から動画ファイルに出力するのが一番簡単ですね。再生速度やら細かい設定ができない点は要注意。
方法②
exportgraphics 関数で "Append" オプション指定で実現できるようになった（R2022a から）のでこれも便利ですね。
N = 100;
x = linspace(0,4*pi,N);
y = sin(x);
filename = 'animation_sample.gif'; % Specify the output file name
if exist(filename,'file')
delete(filename)
end
h = animatedline;
axis([0,4*pi,-1,1]) % x軸の表示範囲を固定
for k = 1:length(x)
addpoints(h,x(k),y(k)); % ループでデータを追加
exportgraphics(gca,filename,"Append",true)
end
方法③
R2021b 以前のバージョンだとこんな感じ。
各ループで画面キャプチャして、imwrite で動画ファイルにフレーム追加していくイメージです。"DelayTime" を使って細かい指定ができるので、必要に応じて今でも利用します。
for k = 1:length(x)
addpoints(h,x(k),y(k)); % ループでデータを追加
drawnow % グラフアップデート
frame = getframe(gcf); % Figure 画面をムービーフレーム（構造体）としてキャプチャ
tmp = frame2im(frame); % 画像に変更
[A,map] = rgb2ind(tmp,256); % RGB -> インデックス画像に
if k == 1 % 新規 gif ファイル作成
imwrite(A,map,filename,'gif','LoopCount',Inf,'DelayTime',0.2);
else % 以降、画像をアペンド
imwrite(A,map,filename,'gif','WriteMode','append','DelayTime',0.2);
end
end
これからは生成AIでコードを１から書くという事が減ってくるのかと思いますが，皆さんがMATLABのコードを書く時に意識しているご自身のルールのようなものがあれば教えてください．
MATLAB言語は柔軟に書けますが，自然と個人個人のルールというものが出来上がってきているのでは，と思います．
私はParameter, Valueペアの引数がある関数はそれぞれのペアを新しい行に書く，というのをよくやります．
h = plot(x, y, "ro-", ...
"LineWidth", 2, ...
"MarkerSize", 10, ...
"MarkerFaceColor", "g");
Parameter=Valueでも同じです．
h = plot(x, y, "ro-", ...
LineWidth = 2, ...
MarkerSize = 10, ...
MarkerFaceColor = "g");
また，一時期は "=" を揃えることもやってました（今はやってませんが）．
h = plot(x, y, "ro-", ...
LineWidth = 2, ...
MarkerSize = 10, ...
MarkerFaceColor = "g");
皆さんにはどのようなルールがありますか？
I want to observe the time (Tmax) to reach maximum drug concentration (Cmax) in my model. I have set up the OBSERVABLES as follows (figure1): Cmax = max(Blood.lL15); Tmax_LT = time(Conc_lL15_LT_nm == max(Conc_lL15_LT_nm)); Tmax_Tm = time(Conc_lL15_Tumor_nm == max(Conc_lL15_Tumor_nm)); After running the Sobol indices program for global sensitivity analysis, with inputs being some parameters and their ranges, the output for Cmax works, but there are some prompts, as shown in figure2. Additionally, when outputting Tmax, the program does not run successfully and reports some errors, as shown in figure2. How can I resolve the errors when outputting Tmax?
昨日 5/29 にお台場で MATLAB EXPO が開催されました。ご参加くださった方々ありがとうございました！
私は AI 関連のデモ展示で解説員としても立っておりましたが、立ち寄ってくださる方が絶えず、ずっと喋り続けてました。また、講演後に「さっきのすごくね？」という会話が漏れ聞こえてきたのがハイライト。
参加されたみなさま、印象に残ったこと・気になった講演・ポスター・デモ・新機能等あったら教えてください！（次回に向けて運営面での感想も）
以前のEXPOでも参加・聴講したことがある
67%
知り合いから聞いた
0%
MathWorksからのプロモーション，EXPOサイトで知った
0%
今年のEXPO会場でたまたま見かけた
0%
ライトニングトークって何？
33%
3 votes
私の場合、前の会社が音楽認識アプリの会社で、アルゴリズム開発でFFTが使われていたことがきっかけでした。でも、MATLABのすごさが分かったのは、機械学習のオンライン講座で、Andrew Ngが、線型代数を使うと、数式と非常に近い構文のコードで問題が処理できることを学んだ時でした。
Toolbox 全部入りの MATLAB ライセンス
67%
まだ持っていない Toolbox (下記にコメントください）
0%
MATLAB T シャツ
17%
MATLAB ルービックキューブ
0%
MATLAB 靴下
6%
MathWorks オフィス訪問チケット
11%
18 votes
この場は MATLAB や Simulink を使っている皆さんが、気軽に質問や情報交換ができる場所として作られました。日本語でも気軽に投稿ができるように今回日本語チャネルを解説します。
ユーザーの皆様とのやり取りを通じて、みんなで知識や経験を共有し、一緒にスキルアップしていきましょう。 どうぞお気軽にご参加ください。
そして日本語チャネル開設にあたってコメントくださった皆様、ありがとうございます！
初カキコ…ども… 俺みたいな中年で深夜にMATLAB見てる腐れ野郎、 他に、いますかっていねーか、はは
今日のSNSの会話 あの流行りの曲かっこいい とか あの 服ほしい とか ま、それが普通ですわな
かたや俺は電子の砂漠でfor文無くして、呟くんすわ
it'a true wolrd．狂ってる？それ、誉め 言葉ね。
好きなtoolbox Signal Processing Toolbox
尊敬する人間 Answersの海外ニキ（学校の課題質問はNO）
なんつってる間に4時っすよ(笑) あ～あ、休日の辛いとこね、これ
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ディスカッションに記事を書いたら謎の力によって消えたっぽいので、性懲りもなくだらだら書いていこうと思います。前書いた内容忘れたからテキトーに書きます。
救いたいんですよ、Centralを(倒置法)
いっぬはMATLAB Answersに育てられてキャリアを積んできたんですよ。暇な時間を見つけてはAnswersで回答して承認欲求を満たしてきたんです。わかんない質問に対しては別の人が回答したのを学び、応用してバッジもらったりしちゃったりしてね。
そんな思い出の大事な1ピースを担うMATLAB Centralが、いま、苦境に立たされている。僕はMATLAB Centralを救いたい。
最悪、救うことが出来なくともCentralと一緒に死にたい。Centralがコミュニティを閉じるのに合わせて、僕の人生の幕も閉じたい。MATLABメンヘラと呼ばれても構わない。MATLABメンヘラこそ、MATLABに対する愛の証なのだ。MATLABメンヘラと呼ばれても、僕は強く生きる。むしろ、誇りに思うだろう。
こうしてMATLABメンヘラへの思いの丈を精一杯綴った今、僕はこう思う。
MATLABメンヘラって何？
なぜ苦境に立っているのか？
生成AIである。Hernia Babyは激怒した。必ず、かの「もうこれでいいじゃん」の王を除かなければならぬと決意した。Hernia BabyにはAIの仕組みがわからぬ。Hernia Babyは、会社の犬畜生である。マネージャが笛を吹き、エナドリと遊んで暮して来た。けれどもネットmemeに対しては、人一倍に敏感であった。
風の噂によるとMATLAB Answersの質問数も微妙に減少傾向にあるそうな。
確かにTwitter(現X)でもAnswers botの呟き減ったような…。
ゆ、許せんぞ生成AI…！
MATLAB Centralは日本では流行ってない？
そもそもCentralって日本じゃあまりアクセスされてないんじゃなイカ？
だってどうやってここにたどり着けばいいかわかんねえもん！(暴言)
MATLABのHPにはないから一回コミュニティのプロファイル入って…
やっと表示される。気づかんって！
MATLAB Centralは無料で学べる宝物庫
とはいえ本当にオススメなんです。
どんなのがあるかさらっと紹介していきます。
ここは短い文章で問題を解くコードを書き上げるところ。
多様な分野を実践的に学ぶことができるし、何より他人のコードも見ることができる。
たまにそんなのありかよ～って回答もあるけどいい訓練になる。
ただ英語の問題見たらさ~ 悪い やっぱつれぇわ…
我らがアイドルmichioニキやJiro氏が新機能について紹介なんかもしてくれてる。
なんだかんだTwitter(現X)で紹介しちゃってるから、見るのさぼったり…ｹﾞﾌﾝｹﾞﾌﾝ!
定期的に開催される。
プライズも貰えたりするし、何よりめっちゃ面白い作品を皆が書いてくる。
p=pi;
l = 5e3;
m = 0:l;
[u,v]=meshgrid(10*m/l*p,2*m/l*p);
c=cos(v/2);
s=sin(v);
e=1-exp(u/(6*p));
surf(2*e.*cos(u).*c.^2,-e*2.*sin(u).*c.^2,1-exp(u/(3.75*p))-s+exp(u/(5.5*p)).*s,'FaceColor','#a47a43','EdgeAlpha',0.02)
axis equal off
A=7.3;
zlim([-A 0])
view([-12 23])
set(gcf,'Color','#d2b071')
過去の事は水に流してくれないか？
toolboxにない自作関数とかを無料で皆が公開してるところ。
MATLABのアドオンからだと関数をそのままインストール出来たりする。
だいたいの答えはここにある。質問する前にググれば出てくる。
躓いて調べると過去に書いてあった自分の回答に助けられたりもする。
for文で回答すると一定数の海外ニキたちが
と絡んでくる。
Answersがバキバキ回答する場であるのに対して、ここでは好きなことを呟いていいらしい。最近できたっぽい。全然知らんかった。海外では「こんな機能欲しくね？」とかけっこう人気っぽい。
日本人が書いてないから僕がこんなクソスレ書いてるわけ┐(´д｀)┌ﾔﾚﾔﾚ
まとめ
いかがだったでしょうか？このようにCentralは学びとして非常に有効な場所なのであります。インプットもいいけど是非アウトプットしてみましょう。コミュニティはアカウントさえ持ってたら無料でやれるんでね。
皆はどうやってMATLAB/Simulinkを学んだか、良ければ返信でクソレスしてくれると嬉しいです。特にSimulinkはマジでな～んにもわからん。MathWorksさんode45とかソルバーの説明ここでしてくれ。
後、ディスカッション一時保存機能つけてほしい。
最後に
Centralより先に、俺を救え
参考：ミスタードーナツを救え
Hi All,
I'm currently verifying a global sensitivity analysis done in SimBiology and I'm a touch confused. This analysis was run with every parameter and compartment volume in the model. To my understanding the fraction of unexplained variance is 1 - the sum of the first order variances, therefore if the model dynamics are dominated by interparameter effects you might see a higher fraction of unexplained variance. In this analysis however, as the attached figure shows (with input at t=20 minutes), the most sensitive four parameters seem to sum, in first order sensitivities to roughly one at each time point and the total order sensitivies appear nearly identical. So how is the fraction of unexplained variance near one?
Thank you for your help!
Hi to everyone!
To simplify the explanation and the problem, I simulated the kinetics of an irreversible first-order reaction, A -> B. I implemented it in two independent compartments, R and P. I simulated the effect of a dilution in R by doubling at t= 0,1 the R volume. I programmed in P that, at t = 0.1, the instantaneous concentration of A and B would be reduced by half. I am sending an attach with the implementation of these simulations in the Simbiology interface.
When the simulations of the two compartments are plotted, it can be seen that the responses are not equal. That is, from t = 0.1 s, the reaction follow an exponential function in R with half of the initial amplitude and half of the initial value of k1. That is, the relaxation time is doubled. Meanwhile, in P, from t = 0.1, the reaction follows exponential kinetics with half the amplitude value but maintaining the initial value of k = 10. Without a doubt, the correct simulation is the latter (compartment P) where only the effect is observed in the amplitude and not in the relaxation time. Could you tell me what the error is that makes these kinetics that should be equal not be?
Thank you in advance!
Luis B.
Hi All,
I've been producing a QSP model of glucose homeostasis for a while now for my PhD project, recently I've been able to expand it to larger time series, i.e. 2 days of data rather than a singular injection or a singular meal. My problem is as follows: If I put 75g of glucose into my stomach glucose species any later than (exactly) 8.5 hours I get an integration tolerance error. Curiosly, I can put 25g of glucose in at any time up to 15.9 hours, then any later an error. I have disabled all connections to my glucose absorption chain, i.e. stomach -> duodenum -> jenenum -> ileum -> removal, to isolate the cause of this. I had initially thought it may be because I mechanistically model liver glycogen and that does deplete over time, but I've tested enough to show that that does nothing. My next test is to isolate the glucose absorption chain into a seperate model and see if the issue persists but I'm completely baffled!
These are the equations, to my eye there's no reason why there would be such a sharp glucose quantity/time dependence, they all begin at a value of 0:
d(Gs)/dt = -(kw*(1-Gd^14/(Igd^14+Gd^14))*Gs) #Stomach glucose
d(Gd)/dt = (kw*(1-Gd^14/(Igd^14+Gd^14))*Gs) - (kdj*Gd) #Duodenal Glucose
d(Gj)/dt = (kdj*Gd) - (kji*Gj) #Jejunal Glucose
d(Gi)/dt = (kji*Gj) - (kic*Gi) #Ileal Glucose
(The sigmoidicity of gastric emptying slowing term (^14) was parameterised off of paracetamol absorption data and appears to be correct!)
Thank you for your help, best regards,
Dan
Pre-Edit: I changed the run time to 30 hours and now I can't use the 75g input any later than 7.9 hours not 8.5 hours anymore!
Edit: This is how it appears at all times prior to it failing for 75g:
Join us for a hands-on workshop focussing on Global Sensitivity Analysis (GSA) for QSP using SimBiology. This complimentary session aims to give you theoretical background and hands-on experience with GSA methods.
🗓️ Event Details: June 25, 1-5pm CEST @PAGE 2024, Rome
🔖 Registration: Free, but space is limited. Early registration is recommended to ensure your place in this workshop.
For more details and to register, please visit https://www.mathworks.com/company/events/seminars/global-sensitivity-analysis-with-simbiology-4361208.html
Hi All,
I'm trying to produce some nice figures from the graphical user interface and have a set of local sensitivity analyses that I'd like to combine.
I have two inputs that vary the sensitivies of my system and would like to plot them on top of each other like:
Is there either a way to do this natively in simbiology (when you try and use 'keep results from each run' it plots them both as a time series) or to export the sensitivity data to the normal matlab programatic UI where I can combine them by hand?
Thank you for your help!
Hi All,
I'm trying to plot my observables in the analyzer and running into far more problems than expected. I have two species in my model that are invovled, blood.Insulin (pM) and blood.Glucose (mM), all I want to do is plot the ratio of these two (blood.Insulin/blood.Glucose (dimensionless)) along with my other species in Model Simulation, to compare it to the same ratio from my data.
First, there doesn't seem to be a way to directly add an observable to the logged states in 'Simulate Model', so I've tried to used 'Calculate Observable' based on the data from my last run (IVGTT.LastRun.results) but it says that units are required when unit conversion is enabled, but it should be dimensionless!
My next idea would be to make a non-constant parameter with a repeated assignment, but I feel like I should be able to do this without resorting to that?
Any help or ideas would be appreciated. Thank you, best regards,
Dan
I based my model construction on this PBPK model: PBPK by Armin Sepp. While this is a very convenient script for building a PBPK two-pore model, it's very incovenient for my application to have the species Units defined in molarity. Is there a convenient way to organically switch this model from molarity to grams (or any weight unit)?
Hi! I'm new to pk modeling and Matlab. Can someone guide me through how to conduct population pk modeling based on pk parameters from non-human primate studies? Much thanks!!!!
