Bioinformatics Toolbox
Lire, analyser et visualiser des données génomiques et protéomiques
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Bioinformatics Toolbox propose des algorithmes et des applications pour la création de pipelines bio-informatiques, le séquençage de nouvelle génération (NGS), l'analyse des biopuces, la spectrométrie de masse et l'ontologie génétique. Vous pouvez lire des données génomiques et protéomiques, les explorer avec l'application Genomics Viewer et les visualiser avec des cartes thermiques spatiales et des clustergrams. La toolbox (avec Statistics and Machine Learning Toolbox) propose des techniques de statistique, de régression, de classification et (avec Deep Learning Toolbox) de Deep Learning pour construire des pipelines d'analyse complets.
L'application Biopipeline Designer vous permet de créer de manière interactive des pipelines bio-informatiques pour l'analyse de données génomiques, localement ou dans le cloud. Vous pouvez utiliser une combinaison de blocs de pipeline bio-informatique prédéfinis qui intègrent des bibliothèques NGS éprouvées et des blocs personnalisés pour étendre les analyses en utilisant des outils communautaires. Vous pouvez créer un pipeline pour le prétraitement des lectures, les mettre en correspondance avec un génome de référence et effectuer des analyses statistiques, comme l'analyse de l'expression différentielle RNA-Seq ou l'analyse ChIP-Seq.
Création de pipelines bio-informatiques
Avec l'application Biopipeline Designer, vous pouvez créer et exécuter de manière interactive des pipelines bio-informatiques de bout en bout, localement ou dans le cloud. Créez un pipeline avec des blocs prédéfinis qui intègrent des bibliothèques NGS éprouvées ou des blocs personnalisés pour étendre les analyses en utilisant des outils communautaires pour chaque étape du processus. Exécutez les pipelines en parallèle (avec Parallel Computing Toolbox) et en mode batch.
Séquençage de nouvelle génération (NGS)
La toolbox propose des algorithmes et des techniques de visualisation pour les NGS. Par exemple, vous pouvez prétraiter les lectures, les mapper à un génome de référence et effectuer des analyses statistiques, telles que l'analyse de l'expression différentielle à partir des données RNA-Seq ou l'analyse de données ChIP-Seq.
Analyse de séquences
Appliquez des méthodes d'analyse de séquences, notamment l’alignement de séquences par paire, de profils de séquence et de séquences multiples. Manipulez et évaluez les séquences pour mieux comprendre vos données. Effectuez des recherches BLAST par rapport à des séquences connues dans des bases de données en ligne ou locales.
Analyse de données de spectrométrie de masse
Bioinformatics Toolbox permet d'analyser des données SELDI, MALDI, LC/MS et GC/MS. Vous pouvez lisser, aligner et normaliser les spectres et utiliser des techniques de classification, de statistique et de Machine Learning pour créer des classificateurs et identifier des biomarqueurs potentiels.
Analyse d'arbres phylogénétiques
Construisez des arbres phylogénétiques en utilisant une liaison hiérarchique avec une variété de techniques, comprenant les méthodes du neighbor joining, de liaison simple et de liaison complète, et UPGMA (Unweighted Pair Group Method Average).
Lecture de données génomiques et protéomiques
Vous pouvez lire des données à partir de formats de fichiers courants tels que SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF et GFF et de bases de données en ligne telles que NCBI Gene Expression Omnibus, GenBank® et Sequence Read Archive. Vous pouvez utiliser des conteneurs de données spécialisés pour les données trop volumineuses pour être stockées en mémoire.
Des algorithmes statistiques et de Machine Learning
Bioinformatics Toolbox propose des fonctions s'appuyant sur Statistics and Machine Learning Toolbox, qui offre des outils interactifs pour la sélection des caractéristiques, la classification, la régression, la cartographie et l'affichage de diagrammes hiérarchiques et de voies.
Analyse de données de biopuces
Normalisez les données de biopuces avec diverses méthodes. Identifiez les gènes exprimés de manière différentielle et effectuer une analyse d'enrichissement des résultats d'expression grâce à l'ontologie génétique. Visualisez les réseaux de gènes et d'interactions protéine-protéine en utilisant des algorithmes issus de la théorie des graphes.
Déploiement et applications de partage
Transformez votre programme d'analyse de données en une application logicielle personnalisée. Créez des interfaces utilisateur personnalisées, intégrez avec des applications C, C++ et Java™ existantes et déployez des applications autonomes.
Ressources produits :
« MATLAB permet à de jeunes biologistes d'apprendre suffisamment de programmation et de mathématiques sans être effrayés par le code. Ils peuvent écrire dans MATLAB comme si c'était du français. »
FAQ sur Bioinformatics Toolbox
Bioinformatics Toolbox fournit des algorithmes et des applications pour créer des pipelines de bioinformatique, effectuer du Next Generation Sequencing (NGS), réaliser des analyses de puces à ADN (microarrays), de spectrométrie de masse et d'ontologie des gènes. Il permet de lire, d'analyser et de visualiser des données génomiques et protéomiques.
L'application Biopipeline Designer vous permet de créer de manière interactive des pipelines de bioinformatique pour l'analyse de données génomiques, localement ou dans le cloud. Vous pouvez utiliser des blocs intégrés qui s'appuient sur des bibliothèques NGS éprouvées ou des blocs personnalisés afin d'étendre les analyses avec des outils de la communauté.
Oui. Bioinformatics Toolbox fournit des algorithmes et des techniques de visualisation pour le NGS, notamment le prétraitement des lectures, leur alignement sur un génome de référence et la réalisation d'analyses statistiques telles que l'analyse de l'expression différentielle RNA-Seq ou l'analyse de données ChIP-Seq.
Vous pouvez effectuer des alignements de séquences par paires, des analyses de profils de séquences et des alignements multiples de séquences. Bioinformatics Toolbox permet également de manipuler et d'évaluer des séquences, ainsi que d'effectuer des recherches BLAST sur des séquences connues dans des bases de données locales ou en ligne.
Oui. Il permet l'analyse de données SELDI, MALDI, LC/MS et GC/MS. Vous pouvez lisser, aligner et normaliser des spectres, puis utiliser des techniques de classification, des méthodes statistiques et des approches d'apprentissage automatique pour créer des classifieurs et identifier des biomarqueurs potentiels.
Oui. Vous pouvez construire des arbres phylogénétiques à l'aide de méthodes de liaison hiérarchique, notamment neighbor joining, single linkage, complete linkage et la méthode UPGMA (Unweighted Pair Group Method Average).
Bioinformatics Toolbox peut lire des données à partir de formats courants tels que SAM, BAM, FASTA, FASTQ, GTF et GFF, ainsi qu'à partir de bases de données en ligne telles que NCBI Gene Expression Omnibus, GenBank et Sequence Read Archive.
Oui. Vous pouvez normaliser des données de microarray à l'aide de différentes méthodes, identifier des gènes différentiellement exprimés, effectuer des analyses d'enrichissement basées sur l'ontologie des gènes et visualiser des réseaux d'interactions gène-gène et protéine-protéine à l'aide d'algorithmes de théorie des graphes.
Oui. Vous pouvez transformer un programme d'analyse de données en application logicielle personnalisée, concevoir des interfaces utilisateur sur mesure, l'intégrer à des applications existantes en C, C++ et Java, puis déployer des applications autonomes.
